Hello,
Normalement les fichiers présents dans tes volumes ne sont pas modifiés par docker, as tu vérifié le contenu de ton fichier /directus/database/data.db après avoir remarqué que la base de donnée était vide ?
Tu peux essayer de retirer le premier directus de tes points de montage dans les volumes :
./directus/database:/directus/database >>> ./database:/directus/database